Balotelli telah dilahirkan di Palermo, Sicily, Itali oleh pasangan pendatang Ghana Thomas dan Rose Barwuah. Setelah Mario dilahirkan, keluarganya berpindah ke Bagnolo Mella di wilayah-Brescia, Lombardy. [7] Semasa bayi, Mario mempunyai masalah komplikasi yang mengancam nyawa dengan usus beliau yang membawa kepada satu siri operasi pembedahan, walaupun keadaan telah bertambah baik sebanyak 1992. Masalah kesihatan Mario dan keadaan hidup yang sempit menyebabkan keluarga Barwuah memutuskan untuk meminta bantuan perkhidmatan sosial yang disyorkan agar Mario dijaga oleh orang lain. [7] Pada tahun 1993, Mario berusia tiga tahun apabila keluarga Barwuah bersetuju mengamanahkan dia kepada pasangan Francesco dan Silvia Balotelli, [7] dengan langkah undang-undang yang dirasmikan oleh Mahkamah Negeri Brescia Itali. [8] Apabila Mario Balotelli menjadi terkenal ibu bapa kandungnya iaitu keluarga Barwuah memintanya untuk kembali (ke pangkuan mereka). Beliau kemudiannya menuduh ibu bapa kandungnya "memburu kemuliaan", menyatakan bahawa mereka hanya mahu dia kembali kerana terkenal dia telah memperoleh kegemilangan.[9] Berpandukan pada Kanun Undang-Undang 91 pada 5 Februari 1992,[10] Balotelli terpaksa menunggu sehingga hari lahir ke-18 untuk memohon kewarganegaraan Itali, setelah keluarga Balotelli melepaskannya, dan dia secara rasmi mendapat kerakyatan Itali pada 13 Ogos 2008. [11]